A través de esta dependencia, la Armada responde a sus funciones de Autoridad Marítima, en estricto apego a las prescripciones legales que emanan de la legislación actual que en esa materia le compete, siendo su propósito principal llevar un control total y exacto, así como el registro de todas las embarcaciones de Bandera Nacional.
Este Comando está compuesto por la Dirección de Estado Rector de Puertos, la Dirección de Gente de Mar, la Dirección de Hidrografía y la Escuela de Marina Mercante Dominicana.
Entre sus deberes y funciones están:
Dirección: Av. Iberoamericana, Santo Domingo Este, R.D.
Numero de teléfono: 809-221-4301