La Segunda República empezó con la restauración del país en 1865 y culminó con la intervención estadounidense en 1916.
Buque Presidente, adquirido en 1889; de (389) toneladas de desplazamiento, tenía una tripulación de (50) hombres, incluidos (20) guardiamarinas, bajo la dirección de Don Luis Martínez Vinales, un comandante de Marina de la Armada Española. Su primer comandante fue el Almirante Alejandro Michel. Equipado con (02) cáñones de tiro rápido “Casset” de 47 milímetros, (01) cañon “Withworth” de 80 milímetros; (01) cañon sistema “Hatchkiss” de 37 milimetros y (40) fusiles “ Remington”.
El vapor de tres mástiles y casco de acero, era impulsado por una maquina de 99 caballos de fuerza. Entro en servicio el 12 de enero de 1889.
A bordo del vapor Presidente fue instalada el 2 de julio de 1894 la Academia de Náutica, con una matrícula de (20) guardiamarinas, bajo la dirección de Don Luis Martínez Viñales, un comandante de Marina de la Armada Española.
En 1894 la Armada adquirió el crucero Independencia, construido por orden del Gobierno del general Heureaux en los Astilleros Navales Shanke & Bell, de Yonker, Inglaterra. El buque arribo al puerto de Santo Domingo el 18 de noviembre de 1894.
La unidad, de 462 toneladas de desplazamiento, tenía una eslora de 176 pies, manga de 25 pies y puntal de 12 pies 6 pulgadas. Su armamento consistía en siete (07) cánones sistema “Hutchkiss”. El crucero Independencia fue nuestro primer buque de guerra provisto de energía eléctrica. Fue también el primer navío presidencial y de desembarco. Se diseño con corte de yacht y, atendiendo a los deseo del Presidente Heureaux, se modelo para desembarcos en las costa dominicanas. También fue dotado de una lujosa cámara Presidencial.
